• Их превосходительства капитаны-регенты, исполняющие функции глав государства;
• Большой генеральный совет, однопалатный парламент;
• Государственный конгресс, орган исполнительной власти, правительство Республики;
• Попечительский совет, занимающийся конституционным судопроизводством;
• Институты прямой демократии (Аренго и Регентский синдикат);
• Органы местного самоуправления, возглавляемые капитанами замков («кастелли»).

Капитаны-регенты – пара глав республики, избираемых на срок шесть месяцев Большим генеральным советом посредством получения абсолютного большинства голосов. Термин работы капитанов-регентов называется семестром, и начинается 1 апреля и 1 октября каждого года. В функции капитанов-регентов входит принятие законов, координация процедур, предшествующих формированию правительства (Государственного конгресса), руководство Большим генеральным советом, Государственным конгрессом, Советом Двенадцати. Капитаны-регенты имеют право вето в отношении друг друга, и все решения принимают по взаимному согласию.

Должность капитанов-регентов существует в Сан-Марино с 1244 года. Сначала глава государства назывался консулом, затем просто капитаном, потом - защитником, после чего были введены две должности капитанов-регентов. Существование в Сан-Марино двух постов капитанов-регентов и срок действия их мандата считается высшим проявлением демократии, поскольку позволяет избежать чрезмерной централизации власти.

Большой генеральный совет - законодательный орган Республики Сан-Марино. Он состоит из 60 депутатов, избираемых прямым всеобщим голосованием один раз в пять лет.

Государственный конгресс осуществляет исполнительную власть. Он состоит из 10 государственных секретарей, стоящих во главе различных сфер государственного управления. Государственные секретари (министры) избираются Большим генеральным советом из числа его членов. Государственный секретарь иностранных дел и политики фактически исполняет функции главы правительства.

Попечительский совет - гарант конституционных прав, новый орган, созданный в 2002 году. Он имеет право принимать решения о конституционности тех или иных решений и разрешать конфликты юрисдикции между конституционными органами.

Совет Двенадцати – оригинальный орган управления в Сан-Марино, члены которого избираются Большим генеральным советом на срок полномочий Попечительского совета. В его функции входит утверждение судебных решений, в предварительном порядке принятых Попечительским советом. Совет Двенадцати был создан в 13 веке.

Уникальными для европейской политической системы являются также институты прямой демократии в Республике Сан-Марино – Аренго и Регентский синдикат.

Аренго, или Совет глав семейств, – административный орган, стимулирующий интерес государственных структур к проблемам общественности. Он принимает от граждан Сан-Марино предложения Большому генеральному совету. Заявки принимаются в первое воскресенье после 1 октября и в первое воскресенье после 1 апреля. В течение месяца капитаны-регенты должны решить, передавать ли предложение на рассмотрение Большому генеральному совету, который должен дать ответ в течение шести месяцев от даты подачи заявки. Самоуправление в Сан-Марино осуществлялось Советом глав семейств уже с 1000 года.

Регентский синдикат – ещё одна уникальная государственная структура, занимающаяся жалобами граждан на работу капитанов-регентов. В течение трех дней с момента окончания срока действия мандата капитанов-регентов синдикат принимает жалобы на их деятельность, и, если он сочтет обвинение обоснованным, начинает судебное разбирательство против подозреваемого бывшего главы государства.