• Химера из Ареццо — обнаружена в 1553 году в Ареццо во время строительства крепости Медичи
• Статуя Arringatore (1-е столетие до н.э)
• Погребальная статуя Mater Matuta (460-450 до н.э)
• Саркофаг Laerthia Seianti (2-е столетие до н.э)
• Большая Амфора Baratti (4-е столетие до н.э)
• Саркофаг Амазонок (4-е столетие до н.э)

Римская коллекция

• "L'Idolino Pesaro", бронзовая статуя молодого человека (высотой 146 см), римская копия с греческого оригинала, найден во фрагментах в центре Пезаро в октябре 1530 года.
• "Туловище из Ливорно", копия 5 столетия до н.э., сделанная с греческого оригинала.
• Портрет "Требониана Галла", конец 3 столетия.
• Минерва из Ареццо, бронзовая римская копия 4-го столетия до н.э., сделанная с греческая статуи, приписываемой Праксителю.

Греческая коллекция

Большая коллекция греческой керамики выставлена в большой комнате на втором этаже.

Египетская коллекция

Египетская коллекция известна также как Египетский музей и является второй по величине коллекцией египетских экспонатов в Италии после Египетского музея в Турине.

Первая коллекция египетских древностей находилась ещё в коллекции Медичи. В XIX веке Леопольд II (великий герцог Тосканы), начал приобретение экспонатов, которые нынче размещены в Египетском музее. Вместе с Карлом X он финансировал научную экспедицию в Египет в 1828-1829 годах. Экспедиция направлена Жаном-Франсуа Шампольоном, который расшифровал египетские иероглифы. Много экспонатов собрано как во время экспедиции, так и за счёт покупок артефактов у местных торговцев. По окончании экспедиции все экспонаты были распределены поровну между Лувром (Париж) и новым египетским музеем во Флоренции.

Официально египетский музей открылся в 1855 году. Первым директором был Эрнесто Скиапарелли (позже он стал директором Египетского музея в Турине). К 1880 году он каталогизировал коллекцию и организовал переправку экспонатов в музей. При Скиапарелли коллекция значительно расширилась благодаря дальнейшим раскопкам и покупкам в Египте. Многие из экспонатов, однако, позже переданы в Туринский египетский музей.

В настоящее время Египетский музей располагает постоянным штатом сотрудников, среди которых два профессиональных египтолога. В музее хранится более 14 000 экспонатов, распределённых по девяти галереям и двум складам. Коллекция включает стелы, мумии, ушебти, амулеты и бронзовые статуэтки разных эпох. Есть статуи времён Аменхотепа III, колесницы времён XVIII династии, папирус Нового завета (New Testament papyrus) и много других редких экспонатов.