Наиболее ценные экспонаты — картины европейских (главным образом, итальянских) художников позднего Средневековья и Возрождения. Среди художников в различных коллекциях Музея: Симоне Мартини («Св. Людовик Тулузский», «Maestà»), Мазаччо («Распятие Христа»), Мантенья («Святая Евфимия», «Портрет Франческо Гонзаги»), Боттичелли («Мадонна с младенцем и двумя ангелами»), Дж. Беллини («Преображение Христа»), Липпи («Благовещение и святые»), Кристофоро Скакко («Коронация Богоматери со святыми Марком и Юлианом»), Лотто («Мадонна с младенцем», «Портрет епископа Росси»), Себастьяно дель Пьомбо («Портрет папы Климента VII», «Мадонна с вуалью»), Тициан (самая рання из четырёх его «Данай», два портрета Павла III и др.), Рафаэль («Мадонна Divina amore», «Портрет кардинала Фарнезе»), Корреджо («Цыганка», «Тайный брак св. Екатерины Александрийской», «Святой Иосиф с новообращённым», «Святой Антоний аббат»), Пармиджанино («Антея», «Лукреция Римская», «Портрет Галеаццо Санвитале», «Святое семейство»), Караваджо («Бичевание Христа»), Рени («Аталанта и Гиппомен»), Артемизия Джентилески («Юдифь, обезглавливающая Олоферна», «Св. Януарий в амфитеатре Поццуоли»), Лука Джордано («Мольба Св. Януария Христу и Богородице о заступничестве против чумы», «Венера, Купидон и Марс» и др.), анонимные итальянские мастера (например, «Портрет Луки Пачоли»), а также П. Брейгель-старший (знаменитые «Притча о слепых» и «Мизантроп»), Эль Греко («Мальчик, раздувающий лучину», «Портрет Джулио Кловио»), Гойя («Портрет Карла IV», «Портрет Марии-Луизы Пармской»).