В 1860 году музей перешел в государственную собственность и был переименован в Национальный музей. В 1957 году его экспозиция включала в себя картинную галерею, позднее составившую ядро Музея Каподимонте. После переноса галереи в музее остались только старинные артефакты, и он был переименован в Национальный археологический музей.

Экспозиция

Египетские древности

Это собрание предметов египетского искусства (начиная с Древнего царства и до эпохи Птолемеев) является третьим по величине в Италии, после Египетского музея Ватикана и Египетского музея Турина. Ядро собрания составляют две частные коллекции, переданные музею и выставленные отдельно друг от друга — коллекция кардинала Стефано Борджиа (вторая половина XVIII века) и коллекция Джузеппе Пикьянти (начало XIX века). В смежном зале представлены другие египетские объекты, переданные в 1842 году в дар музею немецким путешественником Шнарсом, а также находки в египетском стиле из Помпей и других регионов Кампании.

Мозаика

Эта уникальная коллекция практически полностью составлена из мозаик, обнаруженных в Помпеях, а также из мозаик из Геркуланума и Стабии. Напольные и настенные мозаики датируются периодом с II в. до н.э до 79 г. н. э. Наиболее примечательные экспонаты — мозаики из дома Фавна в Помпеях, в том числе «Битва Александра Македонского с Дарием».

Монеты и медали

Коллекция семьи Фарнезе составляет ядро собрания, занимающего 6 залов и состоящего из 200 тысяч экспонатов, которые были обнаружены при раскопках в Кампании и на юге Италии. Коллекции античных монет Греции и Рима и монет от эпохи Средневековья до эпохи правления Бурбонов представлены в отдельных залах.

Скульптура

Внушительная коллекция мраморных и бронзовых изваяний была составлена из находок археологических раскопок в окрестностях Везувия и Флегрейских полей, а также из коллекции семьи Фарнезе. Многие статуи являются копиями утраченных греческих статуй работы Каламида, Крития и других античных мастеров. Наиболее значительные экспонаты:

• Венера Каллипига из Золотого дома Нерона
• Статуя Геркулеса Фарнезского из Терм Каракаллы
• Статуя Фарнезского Атласа
• Монументальная скульптурная группа под названием Фарнезский бык из Терм Каракаллы, римская копия греческого изваяния
• Статуи Гармодия и Аристогитона, римская копия греческого изваяния
• Бронзовые статуи из виллы Папирусов в Геркулануме
• Коллекция бюстов римских императоров
• Скульптуры из терм Каракаллы в Риме

Фрески

В коллекцию входят фрески из Помпей, Геркуланума, Стабии и Боскореале, датируемые периодом с I в. в. до н. э. по I в. н. э.

Драгоценности

Коллекция преимущественно состоит из предметов собрания семьи Фарнезе и включает в себя как античные предметы из драгоценных камней и металлов, так и предметы эпохи Возрождения. Наиболее значительным экспонатом является так называемая чаша Фарнезе — камея из сардоникса, выполненная в 150 году до н. э. в Александрии.

Секретный кабинет

Коллекция Секретного кабинета, основанного в 1819 году, содержит фрески, рельефы, плиты с текстами и другие предметы эротического и порнографического характера, обнаруженные в Помпеях. Ранее коллекцию было разрешено осматривать лишь узкому кругу лиц. Кабинет несколько раз открывался для публики, но всегда на непродолжительное время. С 2000 года открыт для публичного осмотра.

Другие коллекции

• Настенные росписи, предметы культа, мраморные, бронзовые и терракотовые статуи из храма Исиды в Помпеях
• Предметы быта из Помпей и Геркуланума, выполненные из серебра, слоновой кости, стекла и глазурованной глины
• Коллекция «Великая Греция», включающая в себя объекты, обнаруженные при раскопках на юге Италии в Пестуме, Метапонто, Локри, Руво-ди-Пулья и Каноса-ди-Пулья в регионах Базиликата, Кампания, Калабрия и Апулия
• Объекты доисторического периода, начиная с эпохи палеолита и заканчивая бронзовым веком
• Коллекция гладиаторского оружия