В 2000 году, в период президентства Алоиса Лагедера и под художественным руководством Андреаса Хапкемейера, «Музейон» окончательно стал музеем современного искусства; центральное место в его выставочной политике заняла теме «языка искусства», тесно связанная с культурой многоязычной пограничной зоны, в которой он расположен. Специализированная библиотека «Museion» предназначена для представления печатных работ по темам, связанным с современным международным искусством. В январе 2011 года, чтобы сделать её фонды более доступными для широкой аудитории, она была переведена в здание университетской библиотеки города (Bibliothek der Freien Universität Bozen). Фонд «Museion» был основан в августе 2006 года: в его состав вошли представители южно-тирольской администрации и частной ассоциации «Museion»; президент стал искусствовед и куратор Марион Пиффер Дамиани (род. 1963).

Здание

Новое музейное здание было построено по проекту берлинского архитектурного бюро «KSV — Kruger, Schuberth, Vandreike»; в 2000 году данный проект стал победителем в общеевропейском конкурсе, в котором приняли участие 285 проектных бюро из 14 стран. Здание представляет собой «кубическое» строение длиною в 54 и шириной в 23 метра; высота составляет 25 метров. Стеклянный (прозрачный) фасад вписан в архитектуру города и окружающий ландшафт. Символичным стало и место расположения музея — он соединяет собой Старый и Новый город Больцано. Вечером стеклянные фасады служат проекционными поверхностями, которые позволяют горожанам наблюдать произведения современного медиа-искусства.

Выставочные уровни, начиная с фойе на первом этаже и заканчивая верхним уровнем с видом на город, связаны между собой «лестничным каскадом». Интерьеры характеризуются плавными переходами и многочисленными проемами в стенах. Несколько выставочных залов, конференц-зал, учебные лаборатории, библиотека, кафе и музейный магазин не являются строго отдельными помещениями. Музей является не только форумом для презентации и обсуждения произведений искусства, но и местом работы художников: художественная мастерская интегрирована в музейные помещения. Частью музейного комплекса стал и мост через реку Тальфер, начинающийся на его южной стороне — несколько связанных «колеблющихся кривых» образуют велосипедную и пешеходную дорожки.