В 1896 году пинакотека расположилась в новых и более обширных помещениях на площади Гверрацци. В начале 1930-х годов музей стал носить имя Джованни Фаттори.

К этому времени в собрание музея, помимо уже упомянутых, входили несколько эскизов к скульптурам Фемистокла Гверрацци и Бертеля Торвальдсена, барельефы Франсуа Дюкенуа, картины фламандской школы XVII века, несколько картин «Мадонна с младенцем» XV—XVI веков, 3 бронзовые маски Пьетро Такки, коллекция официальных одежд гонфалоньеров и городских приоров, воспоминания генерала Энрико Чалдини, Джузеппе Гарибальди и Гверрацци, портреты выдающихся уроженцев Ливорно, а также обширная коллекция археологических находок с территории Ливорно и его окрестностей.

Во время Второй мировой войны коллекция музея была вывезена из города. После войны часть её была размещена на Вилле Фаббрикотти, а оставшаяся часть хранилась в различных муниципальных учреждениях и складах. В то же время собрание пополнилось работами таких художников, как Плинио Номеллини, Гульельмо Микели, Серафино Де Тиволи, Оскара Гильи, Ульви Льеджи; а также картоном Амедео Модильяни.

В 1994 году основная часть коллекции музея разместилась в здании Виллы Мимбелли, на торжественном открытии присутствовал тогдашний президент Италии Оскар Луиджи Скальфаро.

Структура

Первый этаж

На первом этаже Виллы Мимбелли располагаются касса и залы для различных культурных мероприятий.

Второй этаж

На второй этаж ведёт монументальная лестница, украшенная херувимами работы скульптора Луки делла Роббиа. На втором этаже располагаются следующие залы:

• Зал постмаккьяйоли: работы Оскара Гильи, Джованни Бартолены, а также картина, приписываемая Амедео Модильяни («Тосканский переулок» (итал. «Stradina Toscana»));
• Зал Гульельмо Микели: работы Гульельмо Микели, ученика Фаттори и учителя Модильяни;
• Зал Ульви Льеджи: произведения ливорнского художника Ульви Льеджи, работавшего в 1920-е и 1930-е годы;
• Зеркальный зал: фрески Аннибале Гатти с изображениями персонажей итальянской литературы;
• Жёлтая гостиная: фрески Гатти;
• Чёрная комната: курительная комната, украшенная чёрным деревом и слоновой костью;
• Зал картины «Incipit nova aetas»: картина Плинио Номеллини (408 x 310 см), на которой изображено прибытие «чёрных рубашек» во Флоренцию.

Третий этаж

На третьем этаже экспонируются картины Фаттори и других художников:

• Залы Фаттори: три зала, посвящённые творчеству Фаттори.
• Зал маккьяйоли: работы Сильвестро Леги, Телемако Синьорини, Кристиано Банти, Серафино Де Тиволи, Винченцо Кабьянки, Джованни Больдини.
• Залы Томмази: два зала с картинами братьев Томмази (Анджело, Адольфо и Лудовико).
• Портретный зал: работы Витторио Коркоса и Микеле Гордиджани.
• Зал постмаккьяйоли и дивизионистов: картины Эудженио Чеккони, Раффаэлло Гамбоджи, Витторе Грубики де Драгона и Бенвенуто Бенвенути.
• Зал Плинио Номеллини: работы Плинио Номеллини, одного из крупнейших представителей итальянского дивизионизма и ученика Фаттори.

Бывшие амбары

В бывших амбарах, примыкающих к зданию музея, проводятся временные выставки, среди которых следует отметить большую выставку, состоявшуюся между 22 апреля и 6 июля 2008 года, приуроченную к столетию со дня смерти Фаттори.