Бурное развитие торговли с Гданьском (Данциг) и Любеком и вступление в члены Ганзы привело к засилью немецких купцов, а создание Кальмарской унии - к наплыву датчан. В XIV - XV вв. немцы составляли четвертую часть населения Стокгольма и половину магистрата. Лишь после 1471 г. шведам удалось вернуть себе ключевые позиции в управлении городом, а после освобождения от датского владычества в 1523 г. он стал быстро развиваться как национальный экономический и политический центр Швеции. Официально Стокгольм был объявлен столицей в 1634 г., и ни один город за всю последующую историю государства не оспаривал этого первенства.

В начале XVII в. в Стокгольме возникла русская купеческая колония. Это произошло после победы Швеции в очередной войне с Россией, когда в 1617 г. по мирному договору Россия потеряла Восточную Карелию и Ингерманландию и лишилась выхода к Балтийскому морю. Русским купцам позволено было иметь в столице и других приморских городах торговые дворы, строить дома и церкви.

Город быстро рос, но в его деревянных постройках не раз бушевали пожары, в 1697 г. сгорел даже королевский дворец. В начале XVIII в. в городе разразилась сильнейшая эпидемия чумы, унесшая треть населения столицы.

В 1848 г., в период революции в Европе, в Стокгольме также бушевали революционные волнения.

В 60-х годах XIX в. в результате строительства железной дороги город получил связь с внутренними районами Швеции, развился в промышленном отношении, частично перестроился. В 1862 г. существовавший со средневековья магистрат был ликвидирован, что позволило централизовать коммунальное управление различными частями города и преодолеть их разобщенность.

Столица страны, объявившей с 1814 г. нейтралитет, не раз становилась местом международных встреч, съездов и форумов. Известно, что в 1906 г. здесь работал IV (Объединительный) съезд РСДРП. В 1912 г. в Стокгольме проходили Олимпийские игры. В 1950 г. сессия Постоянного комитета Всемирного конгресса сторонников мира приняла здесь воззвание о запрещении ядерного оружия. Стокгольм избран Культурной Столицей Европы 1998 г.