Некогда Кижи были большим селом, именуемым в новгородских писцовых книгах «Спасским Кижским погостом». Здесь жили представители светской и церковной власти, стоял стрелецкий гарнизон. Сотни крестьян из окрестных волостей съезжались сюда на лодках и заполняли губную избу, толпились в трапезных церквей и под крыльцом, шумели в лавках и питейных заведениях, до отказа наполняли «дворы на приезд». Здесь были приказы и суды, лавки и ремесленные мастерские, амбары и склады, церкви и школы — на погосте сосредоточивалась вся духовная, культурная, экономическая и политическая жизнь округа.

В писцовой книге московского дьяка Андрея Плещеева о заонежских погостах 1582-1583 годов сказано: «Погост Спасский в Кижах на Онеге озере. А на погосте церковь Преображенье Спасово, а другая церковь Покров Святии Богородицы». Позднее, в переписи 1616 года, упоминается, что «верх у Спаса Преображенского шатровый», а относительно Покровской церкви говорится, что она была «теплой».

Преображенская церковь, но уже не шатровая, а многоглавая, была возведена здесь в 1714 году, в самый разгар Северной войны, когда Россия утверждалась на берегах Балтики. Старинное предание прямо связывает строительство Преображенской церкви с личностью Петра I: «Петр Первый, путешествуя из Повенца Онежским озером, остановился у Рижского острова, заметил множество срубленного леса и, узнав о постройке, собственноручно начертил план».

Несмотря на кажущуюся сложность композиции церкви, ее план и объемно-пространственная схема просты и лаконичны. В их основе лежит традиционная схема восьмерика с четырьмя прирубами. В ярусах глав и бочек, образующих стройную декоративно-конструктивную систему; в живописной скульптурной пластике открытого бревенчатого сруба; в большой выразительности косящатых оконных и дверных проемов; в силе мощных кронштейнов, несущих крыльцо; в упругой, построенной на тонких контрастах, резьбе столбов, поддерживающих кровлю крыльца, и в характерной, мастерски прорисованной форме водосливов на кровле, — везде красота и целесообразность сливаются в общее гармоничное целое.

При реставрации Преображенской церкви для покрытия ее глав и бочек было изготовлено тридцать тысяч осиновых лемешин. Большая их часть дополнительно подтесывалась при укладке. Для нижней части купола, расширяющейся кверху, лемешины подтесываются по кромкам снизу; для средней части они остаются такими, какими были заготовлены, а в верхней, сужающейся части купола они снова подтесываются по краям, но уже сверху.

Рядом с Преображенской церковью, как обычно на северных погостах, стоит зимняя теплая Покровская церковь. Она более утилитарна, менее величава в сравнении с летней. Построенная на полвека позже Преображенской церкви, она несет в своей архитектуре первые черты стилистического изменения народного деревянного зодчества. Все ее помещения — сени, трапезная, четверик и алтарь — имеют одинаковую ширину и в плане образуют вытянутый прямоугольник с двумя срезанными углами. Покровская церковь прочно вошла в архитектурный ансамбль погоста, хотя образный лад ее звучания совсем иной в сравнении с Преображенской. Многоглавие этого памятника уникально. Его купола отличаются выразительностью, утонченными пропорциями, тонкими профилями всех контуров, в то же время они достаточно скромны, чтобы не затенять величие церкви Преображения.

Архитектурный ансамбль Кижского погоста был бы неполным без шатровой колокольни, стоящей отдельно между Преображенской и Покровской церквами. Это самое позднее сооружение ансамбля, возведенное в 1874 году, когда пора расцвета народного деревянного зодчества уже миновала. Новая колокольня была поставлена на месте старой шатровой колокольни и создавалась по ее подобию. Архитектура новой колокольни далека от традиций народного зодчества. Но постройка ценна тем, что воспроизводит формы старой шатровой колокольни и восполняет традиционную часть ансамбля, типичную для архитектуры северных погостов.

Обе кижские церкви, колокольня и кладбище были окружены бревенчатой оградой. Но до наших дней она не дошла; сохранился только каменный фундамент, на котором уже более позднее время выросла новая ограда, сложенная из валунов. Ныне существующая ограда сделана в середине 1950-х годов при реставрации всех памятников архитектуры Кижского погоста. Ее прообразом послужила древняя ограда, уцелевшая в одном из отдаленных уголков Онежского края — на Водлозерском Ильинском погосте. Возрожденная в Кижах, она не только способствует лучшему сохранению всего Кижского ансамбля, но и восполняет его неотъемлемую часть, опоясывая обе церкви и колокольню бревенчатым срубом и объединяя их в целостную архитектурно-пространственную композицию.

Три часовни и маленькая Лазаревская церковь, тоже ставшие экспонатами музея, построены намного раньше гражданских зданий, собранных в Кижах. Лазаревская церковь перевезена сюда из Муромского монастыря, построенного новгородцами на юго-восточном берегу Онежского озера в самом конце 14 столетия. Памятник столь мал, что его можно назвать архитектурной миниатюрой. В 1867 году, при перестройке Муромского монастыря, Лазаревская церковь была заключена внутрь нового большого храма, утратив при этом свой западный придел. В Кижском музее-заповеднике памятник полностью воссоздан. Пропорции, размещение проемов и сама поверхность рубленых стен сделали эту небольшую постройку монументальной, а выразительные концы кровельного теса и лемеха наделили изяществом.

Для северных деревень характерна и другая разновидность культовых зданий — часовни. В отличие от церквей в них нет алтаря, да и размеры обычно невелики. Но некоторые памятники являли собой крупные сооружения. Пример тому — часовня из деревни Кавгора. Ее шатровая звонница, устремленная ввысь, господствовала во всей архитектурно-пространственной среде поселения и служила его композиционным центром. Как и многие часовни Олонецкого края, она датируется 17-18 веками. Часовни из деревень Лелик-озеро и Вигово, перевезенные в Кижи, и те, что сохранились вблизи музея на своих исконных местах — в деревнях Корба, Воробьи, Подъельники, Волкостров, Васильеве, Усть-Яндома, однотипны. Своеобразие их облику придавала неповторимость природного окружения.

В деревне Васильево действует выставка народного искусства и экспозиция «Партизанская светелка». Среди других зданий крестьянские дома из деревень Ошевнево, Середка, Логмо-Ручей, Волк-остров, мельницы, амбары, рига, кузница, бани (все — 19 и начало 20 в.). На восточном побережье острова свезены жилые дома и хозяйственные постройки из Южной Карелии (того же периода).