25 сентября 2007 года президент В. В. Путин подписал указ о передаче в собственность города Санкт-Петербурга 100 % акций аэропорта, находившихся в федеральной собственности.

В 2008 году был запущен конкурс по отбору участников государственно-частного партнёрства на реконструкцию и управление петербургским аэропортом Пулково на тридцатилетний срок. При этом, по условиям конкурса в нём не могли участвовать компании, управляющие аэропортами, расположенными ближе 800 км к «Пулкову», в частности, все компании московского авиаузла. 25 июня 2009 года консорциум «Воздушные Ворота Северной Столицы», в состав которого входят VTB Bank Europe, управляющая аэропортом Франкфурта компания Fraport и греческая Copelouzos Group, стал победителем конкурса. 30 октября 2009 года ООО «Воздушные Ворота Северной Столицы», ОАО "Аэропорт «Пулково» и Правительство Санкт-Петербурга заключили Соглашение о создании, реконструкции и эксплуатации объектов, входящих в состав имущества аэропорта до 2039 года. В соответствии с соглашением, ООО «Воздушные Ворота Северной Столицы», начиная с 2013 года, выплачивает Правительству Санкт-Петербурга и ОАО «Аэропорт „Пулково“» 11,5 % от доходов, полученных от использования аэропорта, помимо налогов, отчисляемых в бюджеты всех уровней.

В 2013 году было построен новый аэровокзал с северной посадочной галереей общей площадью 105 600 м². При его строительстве было снесено старое здание авиакомпании «Россия». Стройка велась три года, генеральным подрядчиком выступал итало-турецкий консорциум IC/Astaldi. В здании использовались несущие конструкции с заниженными по сравнению с проектными характеристиками прочности. Заключение Ростехнадзора о соответствии техническим регламентам было получено лишь спустя почти 2 месяца после работы аэровокзала.

Также случился конфуз с внутренним убранством здания. В нём были выставлены работы петербургского художника, представляющие четыре скульптуры, изображающие ангелов с самолётными крыльями. Как оказалось, ранее они уже выставлялись и были посвящены разбившимся в авиакатастрофах самолётам. В том же 2013 году был открыт аэровокзал для деловой авиации Пулково-3. Так же года была открыта трасса, напрямую связавшая аэропорт и кольцевую автодорогу, однако её использование возможно только правительственными делегациями, свободное движение по дороге закрыто. ^{[значимость факта?]}

Был произведён ремонт в Пулково-1 (старом терминале с «пятью стаканами»): здание стало использоваться в качестве посадочной галереи, к нему были пристроены телетрапы. При этом посадочные сателлиты-ротонды и подземные тоннели, ведущие на посадку, были снесены. В 2014 году был выведен из эксплуатации аэровокзал Пулково-2.

По версии британского издательства «Дейли Телеграф» в 2016 году аэровокзал Пулково вошёл в десятку самых красивых зданий подобного назначения в мире.

С 1 января 2020 года сроком на пять лет в аэропорту сняты ограничения по седьмой степени свободы воздушного пространства в отношении 30 стран; то есть иностранным авиакомпаниям стало разрешено совершать полеты в Пулково не из «домашнего» региона.

В 2020 году Ленинградская область передала Санкт-Петербургу 63,5 гектара земли — после изменения границ аэропорт Пулково полностью располагается на территории Московского района Санкт-Петербурга. До того несколько десятилетий аэропорт располагался одновременно в двух этих регионах.

Транспортная инфраструктура

Автомобильный транспорт

С восточной стороны аэропорта к терминалу проведены съезды к Пулковскому шоссе, дорога по которому до центра Санкт-Петербурга составляет примерно 30-60 минут. Подъезд к терминалу разделен на два уровня: нижний — прилёт, верхний — вылет.^{[значимость факта?]}

На территории аэропорта работают 4 парковки (краткосрочные P2 и P3, долгосрочная P4 и парковка для такси P7) и трёхуровневое здание паркинга P1. Стоимость размещения автомобиля на парковке зависит от времени пребывания автомобиля на стоянке и расстояния самой парковки от терминала. Между долгосрочной парковкой и терминалом курсирует бесплатный автобус-шатл.

Автобус

Между аэропортом Пулково и самим Санкт-Петербургом проложены три автобусных маршрута до станции метро Московская ():

• № 39 — автобусы Пассажиравтотранса, следующие со всеми остановками до улицы Костюшко. Время в пути составляет 20-25 минут.
• № 39Э — экспресс-вариант 39-го маршрута без остановок, также обслуживаемый Пассажиравтотрансом. Время в пути составляет 15-20 минут.
• № К-39 — микроавтобусы, работающие в режиме маршрутного такси со всеми остановками. Время в пути составляет 10-15 минут.

Остановка для посадки в автобусы расположена на нижнем ярусе подъезда к терминалу напротив выхода из зала прибытия.

Рельсовый транспорт

Долгие годы властями Санкт-Петербурга разрабатывается проект строительства железнодорожного транспорта в аэропорт, поскольку пассажиры зачастую испытывают сложности, добираясь в Пулково из города. С учётом проведения чемпионата мира по футболу в 2018 году, матчи которого проходили и в Санкт-Петербурге, предполагалось несколько вариантов с использованием разных видов транспорта.

Первый вариант предусматривал строительство линии скоростного трамвая к аэропорту Пулково от станций метро Звёздная и Купчино. В июне 2016 года был объявлен конкурс на проектирование линии; стоимость проекта и межевания участка для строительства линии оценивалась в 27 миллионов рублей.

Рассматривался вариант строительства железнодорожной ветки в аэропорт от Балтийского или Витебского вокзала для использования электрички. Летом 2016 года губернатор Санкт-Петербурга Георгий Полтавченко заявил, что при текущем пассажиропотоке аэропорта потребности в данной ветке в Пулково нет, и она будет востребована не раньше 2019 года и в случае роста пассажиропотока Пулково. Ни проект трамвая, ни проект электрички больше не имеют привязки к чемпионату мира. Конкурс на создание железнодорожной ветки «аэроэкспресса» от Витебского вокзала в аэропорт «Пулково» отменён правительством Петербурга в феврале 2019 года.

Происшествия

• 5 октября 1952 года из-за ошибки диспетчера в небе близ аэропорта столкнулись Ил-12 и ТС-62. Погибли все находящиеся в обоих самолётах 31 человек (24 в Ил-12 и 7 в ТС-62).
• 25 ноября 1960 года при выполнении учебного полёта около аэропорта разбился Ил-14ФК. Экипаж отрабатывал имитацию отказа двигателя, когда самолёт сорвался в непроизвольное пике. Погибли все находящиеся на борту 9 человек.
• 17 февраля 1970 года при взлёте из аэропорта Ли-2 из-за перегруза не смог набрать высоту и разбился в двухстах метрах за полосой. Погиб бортрадист.
• 31 декабря 1970 года почти сразу после вылета разбился Ил-18В. Спеша с вылетом (рейс Ленинград — Ереван), экипаж забыл выпустить закрылки и включить противообледенительную систему. В результате после вылета самолёт быстро потерял скорость и высоту, после чего врезался в землю. Погибли все находящиеся в пилотной кабине — 5 членов экипажа и сопровождающий милиционер.
• 27 апреля 1974 года при заходе на посадку разбился Ил-18В. Самолёт должен был выполнять рейс Ленинград — Краснодар, когда почти сразу после вылета командир доложил о пожаре крайнего правого двигателя. Самолёт совершил полёт по кругу для возврата в аэропорт, но на посадочной глиссаде пожар разрушил крыло, и Ил-18В врезался в землю. Погибли все находящиеся на борту 109 человек.
• 23 мая 1991 года при посадке в грозу потерпел катастрофу Ту-154Б-1, выполнявший рейс Сухуми — Ленинград. Из-за ошибок экипажа самолёт коснулся земли за пределами полосы и на высокой вертикальной скорости, что привело к разрушению фюзеляжа. Погибли 13 пассажиров и 2 работника аэропорта.
• 14 июня 2020 года Airbus A320neo авиакомпании S7 Airlines, выполнявший рейс по маршруту Санкт-Петербург — Иркутск крылом зацепил хвостовую часть Airbus A320 Уральских авиалиний, который готовился к вылету в Калининград. На их бортах находились 94 человека (44 на борту Boeing 737 и 50 на борту A320), в результате инцидента никто не погиб.